在人类不知也无法到达的地方存在着一个妖怪世界。在朋友的保护和照顾下，鬼太郎在那个神秘的妖怪世界里开心快乐、自由自在的生活着。突然有一天，鬼太郎接到了妖怪信使带来的一封信，向他求助的是一个叫做三浦健太的小学生。健太和高中生姐姐实花和他们的父亲晴彦生活在一起。他们居住的小区为了修建主题公园，正在拆毁稻荷神社，而从动工的那天开始，每天都会出现许多形状怪异的妖怪，居住在那个小区的居民都陷入了恐慌和慌乱中。
于此同时，妖怪世界里也发生了很严重的事情：被封印在秘密地方的“妖怪石”突然不见了。封印在妖怪石里的是人类的邪念和咒怨，而这块妖怪石更是在织田信长、天草四郎等撼动历史的关键时刻起到了重要的作用。如果可以合理的运用这块石头，得到它的妖怪将获得巨大的能量，所以一旦被心术不正抑或心存歹意的妖怪得到的话，后果将不堪设想。
