躺平青年李百南误食天外陨石原初种子，绑定菌神系统，和程序员好友王焅莆共生共享菌丝视野，合伙开侦探社谋生。二人追查失踪案件，牵扯出靠黯菌制造傀儡、妄图净化人类的“寂灭之种”组织，与刑警陈卫国、生物学家秦教授等人并肩作战。反派首领秦雷是秦教授父亲，当年害死李百南父母，靠黯菌洗脑众人；小队一路对抗菌傀、破解幻境，陈卫国牺牲后，异能者林柒、改造人零柒加入专案组。众人前往陨石发源地南云，击败秦雷回收多颗外星种子。海外两界岛因四号种子失控沦陷，小队登岛集齐全部六颗原初种子。菌灵小黄揭示真相：外星熵菌靠吞噬文明为生，菌灵族群覆灭前投放种子，托付人类自保，熵菌舰队终将抵达地球。各国放下分歧共享科研资源，建立联合研究中心。主角二人重开侦探社，一次任务发现极地百年外星信标早已泄露地球坐标，全球启动防御计划，众人代代备战，迎接星际危机。
